利用高密度Bin遺傳圖譜定位水稻抽穗期QTL

【摘要】：挖掘新的控制水稻抽穗期相關位點和候選基因，對抽穗期的遺傳機制研究和品種改良具有重要的意義。利用抽穗期存在明顯差異的粳稻TD70和秈稻Kasalath雜交衍生的包含186個家系的重組自交系群體，構建了基于深度重測序的高密度Bin遺傳圖譜，圖譜共包含12，328個Bin標記。RIL群體及親本2018年和2021年正季種植于江蘇南京江蘇省農業科學院。以家系從播種到抽穗所經歷的天數作為抽穗期表型值，使用IciMapping軟件3.4版的完備區間作圖法，對控制水稻抽穗期的QTL進行鑒定。2年共檢測到15個抽穗期的QTL，分布在第3、6、7、8、10和12染色體上，LOD值為2.58～10.68。其中7個QTL和已知抽穗期QTL的位置存在重疊或者部分重疊。共有4個QTL在2年均檢測到，表現出較強的穩定性。對2年重復鑒定到的4個QTL區間進行基因功能注釋和親本間序列分析，共發現7個注釋有功能，且在2個親本間編碼區存在非同義突變的基因。根據候選基因SNP的類型對RIL群體家系進行基因等位型分類和效應分析，發現4個基因其不同等位型的RIL家系在抽穗期上存在顯著或者極顯著差異，推測可能為候選基因，可用于后續水稻抽穗期的分子機制研究。